流式細胞儀主要由流路系統(tǒng)、光學(xué)系統(tǒng)和電氣系統(tǒng)三部分組成。流道系統(tǒng)具有接收樣品并將其流入流通池的功能，激光束從由光源、透鏡、濾光器和檢測器組成的光學(xué)系統(tǒng)施加到流通池，產(chǎn)生光光電流。

然后，該系統(tǒng)檢測細胞發(fā)出的熒光，并使用電氣系統(tǒng)對其進行分析。流路系統(tǒng)由管道、閥門和泵組成，用于將樣品中漂浮的熒光標記細胞排列在一條線上進行分析。

當激光穿過細胞的被稱為詢問點的部分時，光被散射，同時通過激發(fā)與細胞結(jié)合的熒光染料而發(fā)射熒光，并且該散射光和熒光被裝置檢測。它作為一個信號。散射光有兩種類型：前向散射光信號（FS）和側(cè)向散射光信號（SS）。

使用不同的檢測器檢測FS和SS，F(xiàn)S反映細胞大小，SS反映細胞內(nèi)結(jié)構(gòu)。檢測到的信號在電子系統(tǒng)中轉(zhuǎn)換成數(shù)據(jù)，最終可以由軟件解釋。